La cooperación española en Marruecos se rige en la actualidad por lo comprometido en dos documentos de comisiones mixtas diferenciadas. Por un lado la V Comisión Mixta de Cooperación Científica y Técnica, que abarca el período 2003-2005, y por otro la VI Comisión Mixta de Cooperación Cultural y Educativa, que aunque con vigencia entre 2003-2004, se ha prorrogado hasta finales del presente año. Las previsiones apuntan a que en los finales del 2006 se realizará una nueva Comisión Mixta esta vez unificada que aglutine, defina y priorice las actividades de cooperación para los siguientes 3 años.

También a principios de 2007 está previsto que pueda entrar en vigor un nuevo Convenio Básico de Cooperación Bilateral Hispano Marroquí (marco regulador de los instrumentos de cooperación), actualmente en negociación y cuyos principios de acuerdo han sido impulsados en la Reunión de Alto Nivel (RAN) que se ha celebrado entre ambos países en Sevilla el pasado 29 de septiembre de 2005.